さくらインターネット上で、ドメインを設定せず、仮にディレクトリを作って動かしていた時の .htaccess　の設定とドメインを与えた場合の設定ではどうやら設定に変更が必要の様だ。今回は、ドメインを設定したらトップページ以外表示されなくなったとの相談だったので、それに対応した。参考にしたのは下記のページ

https://mono96.jp/archives/22044

ついでに作成した .htaccess のファイルを置いておきます。

htaccess.zip

解凍後ディレクトリトップの .htaccess ファイルと入れ替えてみてください。